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Il body scanner fa male alla salute, il nuovo sistema di controllo a raggi X già installato in alcuni aeroporti sarebbe dannoso ed i passeggeri dovrebbero essere avvertiti dei rischi che corrono ad essere esposti ad alti livelli di radiazione. Lo rivela Bloomberg che sottolinea come donne incinta e bambini non dovrebbero passare per il body scanner.
L'Inter Agengy statunitense che si occupa della sicurezza sul territorio si difende affermando che le dosi di radiazione sono "estremamente basse" ma il dottore inglese Michael Clark raggiunto telefonicamente suggerisce che "ci sono un po' di dubbi circa il fatto che i raggi x del sistema backscatter 3d siano bassi". "La questione è che se anche le dosi fossero basse c'è ancora la necessità per alcuni paesi di giustificare queste esposizioni".
Il bodyscanner con tecnologia 3d backscatter fornisce un'imagine tridimensionale in 8 secondi di una persona che passa attraverso la macchina. Questa tecnologia ha però sollevato anche problemi di privacy, produce immagini del corpo nudo.
Secondo alcuni i bodyscanner rilasciano meno radiazioni di quelle che si assorbirebbero durante un volo aereo. Il passeggero "scannerizzato" assorbirebbe da 0,1 a 5 microsieverts di radiazioni contro i 30 che prenderebe in un volo da Frankoforte a Bangkok. Gli aeroporti di Amsterdam, Heathrow e Manchester sono quelli che in Europa hanno installato il bodyscanner o prevedono di farlo.